Dans le domaine des applications médicales, l’Agence fédérale de Contrôle nucléaire (AFCN) a pour mission de :

• délivrer des autorisations et des agréments aux personnes impliquées dans des applications radiologiques à des fins médicales. Les demandes pour l'obtention de ces autorisations et agréments doivent être introduites auprès de l'Agence, qui vérifie leur conformité aux critères réglementaires. Dans certains cas, l'avis d'un jury d'experts est sollicité. L'Agence peut demander des informations complémentaires aux demandeurs et finalement accorder ou refuser l'autorisation ou l'agrément. Les établissements dans lesquels s'effectuent des applications radiologiques à des fins médicales doivent aussi recevoir une autorisation de l'Agence. Elle est également responsable de l'agrément des types d'appareils utilisés en médecine vétérinaire.
   
• contrôler sur le terrain si les applications radiologiques à des fins médicales sont exécutées selon les dispositions du RGPRI et de l’Arrêté expositions médicales. En cas d'infraction à ces dispositions, l'Agence peut exiger des actions correctives immédiates, ou éventuellement limiter ou retirer l'autorisation accordée aux personnes ou aux établissements, ou l'agrément d'experts.
   
• stimuler la formation et la formation continue de toutes les personnes impliquées dans des applications radiologiques à des fins médicales. C'est pour cette raison qu'elle entretient des contacts avec les établissements d'enseignement. L'Agence organise elle-même ou co-organise des activités de formation. Des membres du personnel de l'Agence sont régulièrement chargés de cours ou d'exposés.
   
• suivre attentivement les développements dans le domaine de la radioprotection en général, et dans le cadre de l'utilisation des rayonnements ionisants à des fins médicales en particulier. Elle entretient des contacts intensifs en Belgique et à l'étranger avec des universités, centres de recherche, associations scientifiques et professionnelles. L'Agence essaie de stimuler la recherche dans ces domaines, elle peut fournir également des aides financières.